Отделение нефрологии было организовано с первых дней открытия больницы. Отделение развернуто на 25 коек, куда госпитализируется городское детское население с гломерулярными заболеваниями, микробно воспалительными заболеваниями с инфекцией мочевыводящих путей, артериальной гипертензией почечной этиологии. Врачи отделения оказывают специализированную помощь экстренным и плановым больным с почечной патологией.
Лечебно-диагностическая деятельность отделения осуществляется высококвалифицированными специалистами больницы совместно с кафедрой нефрологии КазНМУ им. Асфендиярова, КРМУ, КазНУ им. Аль-Фараби, совместно с которыми оказывается консультативно-методическая помощь, клинические разборы сложных больных, проводятся научно-практические конференции, семинары, симпозиумы.
Материально-техническое оснащение соответствует современным требованиям, в достаточном количестве имеется мягкий и твердый инвентарь.