Детская городская клиническая больница № 2 была открыта на основании приказа Городского Управления Здравоохранения г. Алматы № 119 &3 от 17.06.1963 года, как Детская городская клиническая больница № 6. Открытие больницы было предопределено повышением в республике в те годы заболеваемости туберкулезом, в том числе среди детей раннего и дошкольного возрастов. С целью борьбы с туберкулезом вышло Постановление Совета Министров, на базе вновь построенных общежитий АХБК был развернут стационар на 700 коек (350 – туберкулезных, 350 – соматических).
С 04.01.1964 г. больница стала объединенной c поликлиникой, обслуживающей 11 участков численностью населения 11 428 человек, 6 школ, 9 детских садов, детский дом № 4. В больнице работало 1004 физических лица, из них 200 врачей, 416 медицинских сестер,283 няни. Внедрялись такие методы лечения, как лазерная терапия (1968 год), обмененные переливания (1969), гелиотерапия (1970 год).
С 15.07.1975 г. Детская городская объединенная клиническая больница № 6 была переименована в Детскую городскую клиническую больницу № 2. С годами структура клиники изменялась, сокращалось количество коек для больных с туберкулезом, созданы такие отделения как пульмонологическое, аллергологическое, эндокринологическое и гематологическое. В это время педиатрическая наука стала выделяться в самостоятельную службу и по велению того времени, именно ДГКБ № 2стала первой клинической больницей в Казахстане, в стенах которой из одного отделения общей соматики были выведены педиатрические отделения: отделение гематологии, нефрологии, кардиологии, эндокринологии, аллергологии. Мощность клиники возросла с 700 до 825 коек. Число детей, обслуживаемых в поликлинике, превысило 41 тысячу.
В 1978 году были организованы совершенно новые для педиатрической службы отделения, которые были востребованы в городе: отделение реанимации и интенсивной терапии на 6 коек, отделение микрохирургии глаза на 50 коек.
С 1983 года клиника представляла собой многопрофильный стационар на 649 коек, имея в своей структуре 14 профильных отделений и вспомогательную службу.
В связи с ростом патологии желудочно – кишечного тракта у детей в 1985 году было организовано гастроэнтерологическое отделение на 40 коек. В 1988 году структура клиники вновь расширяется за счет кожно-микологического отделения на 45 коек, так как остро встала проблема лечения атопических дерматитов и инфекционно – паразитарных заболеваний кожи у детей.
В связи с открытием в 1991 году Городской клинической больницы № 7 были переданы аллергологическое, эндокринологическое и гематологическое отделения, и были организованы ЛОР отделение на 40 коек и отделение дневного пребывания на 55 коек.
С 1995 года в клинике оказывалась экстренная офтальмологическая помощь г. Алматы. В 2006 году в рамках реализации «Программы реформирования и развития здравоохранения г. Алматы на 2005 – 2007» и в целях совершенствования амбулаторно-поликлинической помощи детскому населению поликлиническое отделение было закрыто с передачей детского населения в соседние территориальные поликлиники. С целью совершенствования стационарной помощи детскому населению приказом ДЗ г. Алматы № 401 от 09.06.2006 г. коечная мощность стационара доведена до 365 коек с переводом из ГКБ № 7 отделений аллергологии (на 40 коек), психоневрологии (на 35 коек). С целью рационализации и стандартизации стационарной помощи детскому населению г. Алматы приказом ДЗ № 83 от 05.02.2007 г. «О совершенствовании стационарной помощи детям» проведена централизация хирургической и соматической помощи. Из ГКБ № 7 переведены отделения детской гематологии и эндокринологии, в ДГКБ № 1переданы отделения офтальмологии и ЛОР.
На сегодняшний день больница развернута на 285 коек стационарной помощи, 12 коек ОРИТ и 25 коек стационарозамещающей помощи. В состав стационарной помощи входят следующие отделения: кардиоревматологии, нефрологии, гематологии, эндокринологии, многопрофильное педиатрическое (пульмоногическое, аллергологическое и дерматологическое), неврологии, хирургическое, травматологическое, нейрохирургическое, ОРИТ.
Ежесуточно в экстренном порядке в приемный покой с различными травмами и болями живота обращаются около 300 детей. Обращаемость около 60 тысяч детей с различными заболеваниями, из них госпитализируется около 10 тыс. За год около 2 500 детям проводится оперативное лечение по хирургическому, травматологическому и нейрохирургическим профилям. Больница активно сотрудничает с зарубежными специалистами, только за 2022 год было проведено 11 мастер-классов.