Хирургическое отделение в ДГКБ № 2 функционирует с 15 февраля 2019 года, по инициативе благотворительного фонда «Саби».
Отделение развернуто на 25 коек. Хирургическое отделение оказывает специализированную медицинскую помощь детям до 17 лет 11 месяцев 29 дней как в экстренном, так и в плановом порядке. Госпитализируются дети с различной хирургической патологией, урологической патологией.
Согласно приказа УОЗ г. Алматы экстренная помощь оказывается детям, прикрепленным к государственным поликлиникам Алатауского, Наурызбайского, Ауэзовского районов.